电子邮箱：yingfancai@outlook.com,cyf@henu.edu.cn
蔡应繁教授，男，博士，博士生导师，国务院政府特殊津贴专家，河南省科技创新杰出人才，省部级（重庆市）学术技术带头人，国家技术发明奖和四川省科技进步一等奖获得者。2003年于四川大学生命科学学院植物专业博士研究生毕业，获理学博士学位。1986年和1997年获西南农业大学农学学士学位和遗传育种专业硕士学位。2005年--2006年于美国康乃尔大学（Cornell University）Boyce Thompson植物研究所访问科学家。1986-2013年先后于四川省农业科学院、西南交通大学，重庆邮电大学工作。2013年8月至今被聘为河南大学“攀登计划”第二层次特聘教授。
长期从事棉花抗病与发育和功能基因组学研究，先后主持完成系列国家自然科学基金项目、国家重点研发计划子课题、国家“九五“科技攻关项目等国家和省部级重点项目；主持选育出通过国家审定和省审定的棉花抗黄萎病高产优质新品种应用于大面积生产，转让棉花新品种专利1项。共同主持培育出棉花抗黄萎病多菌系抗源种质2个，获国家技术发明奖和四川省科技进步一等奖、三等奖等多项成果，取得显著的社会经济效益。研究成果在Plant Physiology、Plant Biotechnology Journal、New Phytologist、BMCPlant Biology，Journal of Agricultural and Food Chemistry，The Crop Journal, Agronomy for Sustainable Development等国际知名期刊发表系列SCI论文。合作编著著作2部，授权发明专利7项。
主要研究方向：
棉花抗病与发育生物学，棉花功能基因组学
主持的重要研究项目：
1.国家自然科学基金项目，基于陆海渐渗系的棉花黄萎病成株抗性相关基因的鉴定与功能解析（31571724），研究期限：2016.01-2019.12
2.国家自然科学基金NSFC联合基金项目：棉花分枝发育相关基因GbBRC1等的功能解析（U1704104），2018.01-2020.12
3.国家重点研发计划子课题负责人，棉花主要经济作物分子设计育种，重要农艺性状多基因互作网络解析（2016YFD0101902），项目起讫时间：2016.07-2020.12
4.国家重点研发计划，黄河流域高效轻简化棉花新品种培育-优质多抗棉花新品种培育（2018YFD0100304）（参加），2018.06-2020.12
5.国家自然科学基金项目，陆地棉抗源抗落叶型黄萎病及相关抗病性应答的分子机理（31071461），研究期限：2011-2013
6.国家自然科学基金项目，棉属植物腺体形成相关基因的筛选与功能研究（30771311），研究期限：2008-2010
7.国家自然科学基金主任基金项目，棉属植物腺体形成相关基因的分离克隆与功能鉴定（30440032），研究期限：2005.1-2005.12
8.国家农业部项目，研究期限：2015-2016
9.国家863计划子课题（2008AA1OZ121-2），研究期限：2008-2011
10.国家农业部“发展棉花生产专项基金”项目-川棉65（200012），研究期限：2000-2004, 25.0万元
11.国家科技攻关项目(96-002-02-10-02)，研究期限：1996-2000
12.四川省科技攻关项目，研究期限：1996-2002
13.四川省杰出青年科学基金项目（462），研究期限：2001-2003
14.重庆市重点攻关项目(CSTC,2011AB1095)，研究期限：2011-2013
15.河南省科技创新杰出人才计划项目，研究期限：2015.01-2017.12
发表论文（部分研究论文，*为通讯作者Correspondingauthor)
Lin Zhang#,Jinlei Liu#,Jieru Cheng#,Quan Sun#,Yu Zhang,Jinggao Liu,Huimin Li,Zhen Zhang,Ping Wang,Chaowei Cai. Zongyan Chu, Xiao Zhang,Youlu Yuan, YuZhen Shi*,Yingfan Cai*.lncRNA7andlncRNA2modulate cell wall defense genes to regulate cotton resistance to Verticillium wilt.Plant Physiology.2022 Feb 3:kiac041. doi: 10.1093/plphys/kiac041.
Yingfan Cai#, Xiaoyan Cai#, Qinglian Wang#, Ping Wang#, Yu Zhang#, Chaowei Cai#, Yanchao Xu#, Kunbo Wang, Zhongli Zhou, Chenxiao Wang, Shuaipeng Geng, Bo Li, Qi Dong, Yuqing Hou, Heng Wang, Peng Ai, Zhen Liu, Feifei Yi, Minshan Sun, Guoyong An, Jieru Cheng, Yuanyuan Zhang, Qian Shi, Yuanhui Xie, Xinying Shi, Ying Chang, Feifei Huang, Yun Chen, Shimiao Hong, Lingyu Mi, Quan Sun, Lin Zhang, Baoliang Zhou, Renhai Peng, Xiao Zhang*and Fang Liu*.Genome sequencing of the Australian wild diploid species Gossypium australe highlights disease resistance and delayed gland morphogenesis.Plant Biotechnology Journal. 2019 Sep 3. doi: 10.1111/pbi.13249.
Cai C, Wang P, Zhao C, Lei W, Chu Z,Cai Y*,An G*.The use of ribosome-nascent chain complex-seq to reveal the translated mRNA profile and the role of ASN1 in resistance to Verticillium wilt in cotton.Genomics. 2021 Nov;113(6):3872-3880. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.09.015.
Peng S, Guo D, Guo Y, Zhao H, Mei J, Han Y, Guan R, Wang T, Song T, Sun K, Liu Y, Mao T, Chang H, Xue J,Cai Y, Chen D,Wang S*.CONSTITUTIVE EXPRESSER OF PATHOGENESIS-RELATED GENES 5 is an RNA-binding protein controlling plant immunity via an RNA processing complex.Plant Cell.2022 Feb 8:koac037. doi: 10.1093/plcell/koac037.
Quan Sun#, Yuanhui Xie#, Huiming Li, Jinglei Liu, Rui Geng, Ping Wang, Zongyan Chu, Ying Chang, Guanjun Li, Xiao Zhang,Youlu Yuan*,Yingfan Cai*.Cotton GhBRC1 regulates branching, flowering, and growth by integrating multiple hormone pathways.TheCrop JournalVolume 10, Issue 1, February 2022, Pages 75-87,https://doi.org/10.1016/j.cj.2021.01.007
Wang X#, Miao Y#,Cai Y#, Sun G, Jia Y, Song S, Pan Z, Zhang Y, Wang L, Fu G, Gao Q, Ji G, Wang P, Chen B, Peng Z, Zhang X, Wang X, Ding Y, Hu D, Geng X, Wang L, Pang B, Gong W, He S*, Du X*.Large-fragment insertion activates gene GaFZ (Ga08G0121), and is associated with the fuzz and trichome reduction in cotton (Gossypium arboreum).Plant Biotechnol J.2021 Jun;19(6):1110-1124.
Ji G#, Liang C#,Cai Y#, Pan Z, Meng Z, Li Y, Jia Y, Miao Y, Pei X, Gong W, Wang X, Gao Q, Peng Z, Wang L, Sun J, Geng X, Wang P, Chen B, Wang P, Zhu T, He S*, Zhang R*, Du X*.A copy number variant at the HPDA-D12 locus confers compact plant architecture in cotton.New Phytol.2021 Feb;229(4):2091-2103.
Ying Chang#,Bo Li#, Qian Shi, Rui Geng,Shuaipeng Geng,Jinlei Liu, Yuanyuan Zhang andYingfan Cai* Comprehensive Analysis of Respiratory Burst Oxidase Homologs (Rboh) Gene Family and Function of GbRboh5/18 on Verticillium Wilt Resistance inGossypium barbadense.September 2020，Frontiers in Genetics, 2020，11:788
Lin Zhang, Ye Tao, Suya Zhao, Xiaoyan Yin, Junmei Chen, Miao Wang,Yingfan Ca*，Qiuhong Niu*.Anovel peroxiredoxin from the antagonistic endophytic bacterium Enterobacter sp. V1 contributes to cotton resistance againstVerticillium dahliae.Plant and Soil, volume 454, pages395–409 (2020)
Zhang Ling, Li W, Tao Y, Zhao S, Yao L,Cai Yingfan*, Niu Q*. Overexpression of the key virulence factor 1,3-1,4-β-D-glucanase in the endophytic bacterium Bacillus halotolerans Y6 to improve Verticillium resistance in cotton.Journal of Agricultural andFoodChemistry.2019May 28. doi: 10.1021/acs.jafc.9b00728.
Dai P#, Miao Y#, He S, Pan Z, Jia Y,Cai Yingfan, Sun J, Wang L, Pang B, Wang M, Du Xiongming.Identifying favorable alleles for improving key agronomic traits in upland cotton.BMC Plant Biology,2019 Apr 11;19(1):138. doi: 10.1186/s12870-019-1725-y.
Quan Sun, Guangfan Zhou,Yingfan Cai*, Yonghong Fan, Xiaoyan Zhu, Yihua Liu, Xiaohong He, Jinjuan Shen, Huaizhong Jiang, Daiwen Hu,Zheng Pan, Liuxin Xiang, Guanghua He,Jianping Yang. Transcriptome analysis of development of the stem in tumourous stem mustard,Brassicajuncea var. tumidaTsen et Lee, by RNA sequencing.BMC Plant Biology, 2012,12:53
Xiang Linxin, Liu J, Wu C, Deng Y, Cai C, Zhang X,Cai Yingfan*.Genome-wide comparative analysis of NBS-encoding genes in fourGossypiumspecies.BMC Genomics. 2017 Apr 12;18(1):292. doi: 10.1186/s12864-017-3682-x.
Quan Sun, Huaizhong Jiang, Xiaoyan Zhu, Xiaohong He, Liuxin Xiang, Yuzhen Shi, YouluYuan, Xiongming Du,Yingfan Cai*. Analysis of Sea-Island Cotton and Upland Cotton in Response toVerticillium dahliaeInfection by RNA Sequencing. 2013,BMC Genomics, 2013 ,14:852
Xu Zheng, Suowei Wu, Huqu Zhai, Peng Zhou, Meifang Song, Liang Su, Yulin Xi, Zhiyong Li, Yingfan Cai, Fanhua Meng, Li Yang, Haiyang Wang, Jianping Yang*. (2013). Arabidopsis Phytochrome B Promotes SPA1 Nuclear Accumulation to Repress Photomorphogenesis under Far-Red Light.The Plant Cell,2013，25(1):115-33
Sun Q, Du X, Cai C, Long L, Zhang S, Qiao P, Wang W, Zhou K, Wang G, Liu X, Zhang H, Geng S, Yang C, Gao W, Mo J, Miao C, Song C,Cai Yingfan*.To Be a Flower or Fruiting Branch: Insights Revealed by mRNA and Small RNA Transcriptomes from Different Cotton Developmental Stages.Scientific Reports. 2016 Mar 17;6:23212. doi: 10.1038/srep23212.
Yingfan Cai*, Yongfang Xie, Jinggao Liu. Glandless seed and glanded plant research in cotton.Agronomy for Sustainable Development，2010, 30（1）: 181-190
Sun Quan, Wang G, Zhang X, Zhang X, Qiao P, Long L, Yuan Y*,Cai Yingfan*.Genome-wide identification of the TIFY gene family in three cultivated Gossypium species and the expression of JAZ genes.Scientific Reports. 2017 Feb 10;7:42418. doi: 10.1038/srep42418.
Ping Wang, Sai Zhang, Jing Qiao, Quan Sun, Qian Shi, Chaowei Cai, Jianchuan Mo, Zongyan Chu, Youlu Yuan, Xiongming Du, Yuchen Miao, Xiao Zhang andYingfan Cai*.Functional analysis of theGbDWARF14gene associated with branching development in cotton. PeerJ, 2019，DOI 10.7717/peerj.6901
Xiang Liuxin, Cai C, Cheng J, Wang L, Wu C, Shi Y, Luo J, He L, Deng Y, Zhang X, Yuan Y,Cai Yingfan*Identification of circularRNAs and their targets inGossypiumunder Verticillium wilt stress based on RNA-seq.. PeerJ. 2018 Mar 16;6:e4500. doi: 10.7717/peerj.4500.eCollection 2018.
Xiang Liuxin, Liu C, Luo J, He L, Deng Y, Yuan J, Wu C*,Cai Yingfan*.A tuber mustard AP2/ERF transcription factor gene,BjABR1, functioning in abscisic acid and abiotic stress responses, and evolutionary trajectory of theABR1homologous genes inBrassicaspecies.PeerJ. 2018 Dec 11;6:e6071. doi: 10.7717/peerj.6071.
Sun Quan, Qiao J, Zhang S, He S, Shi Y, Yuan Y, Zhang X,Cai Yingfan*.Changes in DNA methylation assessed by genomic bisulfite sequencing suggest a role for DNA methylation in cotton fruiting branch development.PeerJ. 2018 Jun 14;6:e4945. doi: 10.7717/peerj.4945. eCollection 2018.
Wang W, Yuan Y, Yang C, Geng S, Sun Q, Long L, Cai C, Chu Z, Liu X, Wang G, Du X, Miao C, Zhang X,Cai Y*.Characterisation, Expression, and Functional Analysis of a Novel NAC Gene Associated with Resistance to Verticillium Wilt and Abiotic Stress in Cotton.G3: Genes, Genomes, Genetics，2016 Nov 1. pii: g3.116.034512. doi: 10.1534/g3.116.034512.
Xiaohong He,Quan Sun,Huaizhong Jiang,Xiaoyan Zhu,Jianchuan Mo,Lu Long,Liuxin Xiang,Yongfang Xie,Yuzhen Shi,Youlu Yuan,Yingfan Cai*. Identification of novel microRNAs in the Verticillium wilt-resistant upland cotton variety KV-1 by high-throughput sequencing.Springerplus.2014 Sep 27;3:564. doi: 10.1186/2193-1801-3-564. eCollection 2014(SCI).
Quan Sun,Yingfan Cai*, YongfangXie，Jianchuan Mo, Youlu Yuan, Yuzhen Shi , Shengwei Li, Huaizhong Jiang, Zheng Pan, Yunling Gao, Min Chen, Xiaohong He.Gene Expression Profiling During Gland Morphorgenesis in a Mutant and a Glandless Upland Cotton.Molecular biology reports,2010,37（7）:3319–3325
Liuxin Xiang, Yuxian Xia*,Yingfan Cai*, Jijun Liu, Xiaohong He, Quan Sun, Xiaoyan Wang, Yuyin Fu, Yonghong Fan, Daiwen Dong, Guanfan Zhou, Jinjuan Shen and Yihua Liu.Characterisation ofthe first tuber mustard calmodulin-like gene, BjAAR1, and its functions in responses to abiotic stress and abscisic acid in Arabidopsis.Journal of Plant Biology, 2013, 56:168-175.
Yong-Fang Xie, Biao Li, Bochu Wang*,Ying-Fan Cai*.Construction of cDNA Library of Cotton Mutant (Xiangmian 18) Library During Gland Forming Stage.Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2007, 60（2）：258–263
Jinggao Liu, Robert Stipanovic,Yingfan Cai, Lorraine Puckhaber, Alois Bell. Cloning and Heterologous Expression of a Cytochrome P450 Hydroxylase Involved in the Terpenoid Biosynthetic Pathway in Cotton.Proceedings-Beltwide Cotton Conferences，USA. 2007, Jan.
Yingfan Cai，Hong Zhang，Yu Zeng，Jianchuan Mo，Jinku Bao，Chen Miaom Jie Baim Fang Yan and Fang Chen*. An optimized gossypol high-performance liquid chromatography assay and its application in evaluation of different gland genotypes of cotton.Journal of Biosciences，2004, 29（1）：67-71
取得成果及奖励：
1．国家审定品种：棉花抗枯黄萎病，抗红蜘蛛兼抗棉铃虫优质高产新品种“川棉239”的选育，1999年通过国家审定（长江流域国家品种区域试验通过的第一个双抗棉花品种；四川省第一个通过国家审定的棉花品种）。本人排名第一。
2．国家技术发明奖：棉花抗黄萎病多菌系抗源种质川737、川2802的培育，成果第2完成人（成果完成者证书第2776号）；1998年获国家发明三等奖（排名第3）。
3．四川省科技进步一等奖：抗棉黄萎病多菌系抗源种质的选育，成果第2完成人（成果完成者证书第2776号）；1995年获四川省科技进步一等奖（排名第3）。
4．国家审定品种：棉花抗枯黄萎病兼抗棉铃虫优质高产新品种川棉243，1996年四川省审定,2000年又通过国家审定, 2004年成功转让品种专利。本人排名第二（共同主持）。
5.四川省审定品种：棉花抗黄枯萎病、抗红铃虫兼抗红蜘蛛高产优质新品种“川棉65”的选育，2000年获得农业部“农发专项资金”资助，2002年通过四川省审定。本人排名第一。
6．四川省科技进步一等奖：棉花高抗枯萎病抗源52-128、57-681的持久抗性研究与应用。2006年获四川省科技进步一等奖，本人排名第十。
7．四川省科技进步三等奖：棉花多抗病育种技术及系列新品种的培育，2004年获四川省科技进步三等奖。本人排名第五。
参编著作：
张相琼，蔡应繁.《四川棉花品种选育与主要品种介绍》（执笔撰写主要理论部分）。成都:天地出版社，2002年1月出版
周选围，林娟，舒坤贤，蔡应繁等.《生物技术概论》，“十二五”普通高等教育本科国家级规划教材.北京：高等教育出版社，2010年3月出版
专利申请与授权情况:
棉花GbSLR1基因在植物根和分枝发育中的应用,发明专利, 2021年7月6日,蔡应繁，张赛，孙全，何琳，乔婧，龙璐，高巍，张骁. ZL 2017 1, 1135400.3,
棉花GhLecRK1基因在植物抗黄萎病中的应用.ZL 2017 1 1136716.4 ,发明专利2021-01-09蔡应繁，龙璐，高巍，何琳，张慧，孙全，张骁.
棉花GbABR1基因在抗黄萎病中的应用（发明名称），2016109549738（专利申请号），20161103（申请日），发明人为：蔡应繁、刘鑫、龙璐、孙全、王微娜、张骁
棉花GbDREB基因在抗黄萎病中的应用，2016109549723（专利申请号），20161103，发明人为：蔡应繁、刘鑫、龙璐、孙全、王微娜、张骁
棉花细胞色素P450 CYP94C1基因在抗黄萎病中的应用，2016108583214（专利申请号），20160928，发明人为：蔡应繁、周克学、龙璐、王微娜、孙全、高巍、张骁、宋纯鹏
海岛棉GbNAC1在抗黄萎病中的应用，2016106897908（专利申请号），20160819，发明人为：蔡应繁、王微娜、杨璨、耿帅鹏、孙全、张骁、宋纯鹏
讲授课程：
1.棉花生物学专题（硕士、博士研究生）
2.文献阅读（硕士、博士研究生）
3.植物育种学（本科生）
4.作物栽培与耕作学（本科生）
